Povestea se invarte in jurul unui joc online numit "The World". Actiunea are loc la 4 ani dupa incidentul "Twilight" (vezi .hack/SIGN), care a socat nu numai lumea jocului, ci si lumea reala.

Corporatia CyberConnect (CC Corporation), creatorul jocului (si operator), a tinut o campanie de caractere limitate ("Limited Edition Character") pentru jucatori si participanti. Premiul acestei campanii sunt chiar caracterele "Kite" si "Black Rose" din ".hackers", date care erau interzise incepand cu incidentul Twilight.

Caracterele au fost castigate de Shuugo si Rena, frate si sora (Shugoo fiind mai mare). Shuugo, care nu mai juca, a trebuit din nou sa puna pociorul in "The World" la invitatia sorei sale.

In lumea jocului, Shuugo si Rena se intalnesc cu alti jucatori, Mileyu si Houka, devenind repede prieteni dupa cateva evenimente. Dar, lumea pasnica a jocului incepe sa fie deranjata de modificari ciudate asemanatoare cu cele din incidentul Twilight de acum 4 ani. Dar acum, Shuugo, Rena si noii lor prieteni sunt implicati...